1、化粪池不清理会对环境造成污染。因地面上外力造成震动，使池体出现裂缝，造成粪便水渗漏地下，污染地下水源，及化粪池长期不清理造成排出污水严重超标等，给周边河湖水环境带来严重破坏。化粪池长期欠缺清理造成极大的危害。
2、化粪池主要是传统的三级化粪池，其作用为沉淀截留粪便，一般需经过30天厌氧发酵，减少粪便容积，降低污水浓度后汇入生活污水排放池网。但当化粪池底部因粪渣沉淀板结，导致留给粪水发酵的空间及时间不足，就直接影响无害化处理的效果。当粪渣板结达到一定高度后，粪便就相当于未经任何处理直接排出化粪池，此时，化粪池即已属名存实亡，沦为“过粪池”,不具备任何化粪效果。此外，在化粪池密封程度较高的情况下，如果沼气满溢，可能造成沼气爆炸。环卫专家指出，化粪池形同虚设，将加大污水处理厂的压力。
3、化粪池引发的危害屡屡发生，如清掏人员下去化粪池里结果因为沼气中毒上不来了，也有把烟头无意中扔进了化粪池中引起爆炸的。因此，定期清理化粪池是很有必要的，化粪池清理时间间隔不得超过一年，当然旧式化粪池因容积偏小，清理间隔时间要相应缩短，避免对城市的污染和环境造成破坏。