难点一：实验室检测技术能力达不到要求
公正性和准确性是国家实验室必须达到的要求，所谓公正性就是实验室相对独立，如：仪器独立，场地独立，人员独立等，所谓准确性就是检测结果需要准确无误。
大部分企业不够重视实验室，原因是实验室属于企业的后台，故配置的设备和人员都比较少，检测技术也达不到要求，如若要申请国家实验室认可需要配置足够的人员和设备，满足国家认可相关标准。
难点二：实验室设计布局及环境不满足要求
大部分实验室设计布局都不满足要，相互干扰的设备放在一起，如：盐雾和其它设备放一起，有机无机未分开，振动设备和其它设备放一起，辐射的设备与其它设备放一起等，设备之间的相互干扰会影响检测结果的准确性。
实验室环境也很重要，如果环境不满足要求，将不满足国家认可要求，常见的环境问题为：实验室气压，尘埃粒子，照度，温度，湿度，辐射，背景噪音，风速，风向等。
难点三：实验室质量控制达不到要求
实验室质量控制是国家认可过程中评审的重点，主要是：期间核查，不确定度，方法确认，平行样检测，加标回收率（化学），标准品管理、校准曲线控制（化学）、空白样控制（化学）、实验室间的比对、实验室内的比对等。
实验室的质量控制是实验室长期提高的一个过程，关注细节和流程，需要从很多方面来考虑，如：人、机、料、法、环、测等。