计算机机房对温度、湿度及洁净度均有较严格的要求，计算机机房专用空调在设计上与传统的舒适性空调有着很大区别，主要表现在以下5个方面：
1、传统的舒适性空调主要是针对于人日常需要设计，送风量小，送风焓差大，降温和除湿同时进行，而机房内显热量占全部热量的90%以上，它包括设备本身发热、照明发热量、通过墙壁、天花、窗户、地板的导热量，以及阳光辐射热，通过缝隙的渗透风和新风热量等。这些发热量产生的湿量很小，因此采用舒适性空调势必造成机房内相对湿度低，而使设备内部电路元器件表面积累静电，产生放电从而损坏设备、干扰数据传输和存储。同时，由于制冷量的（40%-60%）消耗在除湿上，使得实际冷却设备的冷量减少很多，大大增加了能量的消耗。机房专用空调在设计上采用严格控制蒸发器内蒸发压力，增大送风量使蒸发器表面温度高于空气露点温度而不除湿，产生的冷量全部用来降温，提高了工作效率，降低了湿量损失（送风量大，送风焓差减小）。
2、舒适性空调风量小，风速低，只能在送风方向局部气流循环，不能在机房形成整体的气流循环，机房冷却不均匀，使得机房内存在区域温差，送风方向区域温度低，其他区域温度高，发热设备因摆放位置不同而产生局部热量累积，导致设备过热损坏。而机房专用空调送风量大，机房换气次数高（通常在30-60次/小时），整个机房内能形成整体的气流循环，使机房内的所有设备均能平均得到冷却。
3、传统的舒适性空调，由于送风量小，换气次数少，机房内空气不能保证有足够高的流速将尘埃带回到过滤器上，而在机房设备内部产生沉积，对设备本身产生不良影响。且一般舒适性空调机组的过滤性能较差，不能满足计算机的净化要求。采用机房专用空调送风量大，空气循环好，同时因具有专用的空气过滤器，能及时的滤掉空气中的尘埃，保持机房的洁净度。
4、因大多数机房内的电子设备均是连续运行的，工作时间长，因此要求机房专用空调在设计上可大负荷常年连续运转，并要保持的可靠性。舒适性空调较难满足要求，尤其是在冬季，计算机机房因其密封性好而发热设备又多，仍需空调机组正常制冷工作，此时，一般舒适性空调由于室外冷凝压力过低已很难正常工作，机房专用空调具有高可靠性，全年8760小时要无故障运行,具有可靠的零部件和的控制系统，可全年制冷，24小时不间断运行，可以更好地保证制冷循环工作。
5、机房专用空调一般还配备了专用加湿系统，率的除湿系统及电加热补偿系统，通过微处理器，根据各传感器反馈回来的数据能够的控制机房内的温度和湿度。机房空调对温湿度的控制精度较高，控制更先进，很多参数可调，且支撑远程控制。而舒适性空调一般不配备加湿系统，智能控制温度且精度较低，湿度则较难控制，不能满足机房设备的需要。