履约保函的风险源于承包人的违约行为，所以承包人防范的措施重点应该是认真履行合同义务并保留履约证据，防止违约行为发生。保留履约证据时应注意以下几点：
承包人应采用书面形式与发包人、监理工程师沟通;其次所有涉及书面的文件必须履行签字确认程序。这里包含两个需要注意的问题：
一是签字的人必须是合同中指定的发包人代表或项目监理工程师;
二是签写的时间必须是事件发生当时的时间，而不是签字当天的时间;第三承包人必须熟记合同中规定的时间限制，并认真执行。
招标人必须在招标文件中明确规定出中标单位提交履约保证金时，此项条款方为有效，如果在招标书中没有明确规定，在中标后不得追加。这就维护了招标中要约的真实性和投标人的权益，工程招标人可以根据自身的条件 选择对该项工程是否投标。因此，履约保证金具有选择性。
履约保证金必须游离在工程造价之外，只作为中标方违约时招标方损失的补偿，招标人必须是具备招标能力的法人，其建设资金已经到位，不能把履约保证金作为工程造价的补充。因此，履约保证金具有独立性，必须由双方认可的机构负责收缴、储存、执行和返还。
预付保函又称还款保函及退款保函，在贸易合同中还可以成为定金保函。在大额交易中，买方或业主在合约签订后的一定时间内预先需向供货方支付一定比例的款项作为执行合同的启动资金，由于该款项是对供货方在履约之前所作的预付，买方为了避免日后由于供货方拒绝履行义务或者无法履行义务，却不退款而无端遭到损失，通常要求供货方在买方预付之前的若干日内通过其银行开出预付保函，有银行作出承诺，一旦申请人未能履约或者是无法全部履约(不管这种行为是有意的或者是无意造成的)，担保行将在收到买方提出的索赔后，向其返还这笔与预付金额等值的款项，或者相当于合约尚未履行部分相当比例的预付金额，使买方能够顺利的收回所预付的款项。