间接冷却是由鼓风机将库房内的空气抽吸进空气冷却装置，空气被盘旋于冷却装置内的蒸发管吸热后，再送入库内而降温。空气冷却方式的优点是冷却迅速，库内温度较均匀，同时能将贮藏过程中产生的二氧化碳等有害气体带出库外。
药品冷库的温度一般为+2℃～+8℃，药品冷库医药医疗器械阴凉冷库主要冷藏储存在常温条件下无法保质的各类医药产品，在低温冷藏条件下冷藏能使药品不变质失效，延长药品的保质期，达到医药监督局的技术要求。
疫苗冷库制冷机组选用进口压缩机，具有能效比高，制冷能力强，噪音低可靠特点。冷凝散热器配用风冷冷凝器，选用外转子低噪音电机，能有效散发热量，在极端高温环境下使高压压力维持在正常值，使制冷机组发挥制冷效果，节能环保。冷库内蒸发器采用吊顶冷风机。
冷库排除异味的方法 臭氧法。臭氧具有强烈的氧化作用，不但能消除冷库库房异味，还能制止微生物的生长。采用臭氧发生器，可实现对库房异味的排除。 若冷库内存放含脂肪较多的食品时，则不宜采用臭氧处理，以免脂肪氧化而产生酸败现象。甲醛法：将冷库库房内的货物搬出，用2%的甲醛水溶液（即福尔马林溶液）进行和排除异味。食醋法：装过鱼的冷库库房，鱼腥味很重。不宜装其它食品，非得经彻底清洗排除鱼腥味后方可装入其它食品。一般清除鱼腥味的方法是采用食醋的方法。