保证金存在被收取者挪用的风险，而且对是否挪用难以监控。虽然法律上明文规定保证金不允许挪用，但事实上或多或少，无论是招标代理机构，还是招标人，什么有些政府交易平台，都存在一些保证金挪用的现象，如果挪用的大额保证金不能及时归还，对投标人会造成损失。
投标人由于需要到处参加投标，保证金交纳笔数多了以后，累计数额也是不小的。或多或少影响了投标人的现金流，一方面造成这些资金的无效沉淀，一方面在投标人资金紧张后又加大了它外部融资的成本，间接提高企业的生产成本，招标人的采购价格。
保证金除非被恶意提取，否则不存在被挪用的情况，而提取手续相对正规，提取行为一定也会告知投标人，如果该项目不存在扣保证金的理由，投标人可以及时申诉，避免挪用造成的财产损失。
投标保函开具的成本并不高。鉴于投标保证金被扣除的概率不高，银行对此类保证金的条件要求其实不高，和我们理解的信贷额度还是在制度及押款比例上有相当大的区别，另外已经有一些企业通过与银行的合作，通过提供银行的信用担保等方式推出相关的金融服务，这些都会大大降低投标人的资金占压数量。